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PyHST

dépendances


https://gitlab.esrf.fr/mirone/pyhst2

cuda et nvidia

cf. installation CentOs
sudo ln -s /usr/lib64/nvidia/libcuda.so libcuda.so
sudo ln -s /usr/local/cuda-9.0/lib64/libcudart.so libcudart.so

EPEL

yum install epel-release

python

sudo yum install python-devel
sudo yum install Cython
sudo yum install numpy

fftw

sudo yum install fftw fftw-devel

pour être pris en compte par pyhst, j'ai ajouté dans le setup.py (probablemnt pas la bonne solution...

l.192    cufft_dir = ["/usr/local/cuda-9.0/include"]
l.430    include_dirs=[ numpy.get_include()] + mpi_dirs + hdf5_dirs +cufft_dir)

openmpi

sudo yum install openmpi openmpi-devel

changer le chemin vers openmpi in setup.py

l.183 mpi_dirs = ["/usr/include/openmpi-x86_64/"]


sudo ln -s openmpi-x86_64 openmpi

hdf5

https://www.hdfgroup.org/downloads/hdf5/source-code/

./configure --prefix=/usr/local/hdf5 --enable-fortran --enable-cxx
make -j
sudo make install
sudo check-install


sudo ln -s /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.so libhdf5.so

changer le chemin vers hdf5 dans setup.py

l.185
    if 0:
        hdf5_dirs = ["/usr/local/hdf5/serial/"]
        hdf5_lib  = "hdf5_serial"
    else:
        hdf5_dirs = ["/usr/local/hdf5/include/"]
        hdf5_lib  = "hdf5"



sudo ln -s /usr/lib64/openmpi/lib/libmpi.so libmpi.so
sudo ln -s /usr/lib64/openmpi/lib/libmpi_cxx.so libmpi_cxx.so

qt

sudo yum install qt-devel

tiffio

sudo yum install libtiff-devel

compilation

dans setup.py : l.390 : retirer architecture 20

CUDA["arch"] = ["-gencode", "arch=compute_30,code=compute_30",
            "-gencode", "arch=compute_50,code=compute_50"
        ]


si il y a un pb avec syncthreads, alors ajouter "__" au début
syncthreads -> __syncthreads

optirun python setup.py build_ext --define USEGPU

installation

sudo CUDAHOME="/usr/local/cuda-9.0/" python setup.py install



dépendences python

sudo yup install python2.pip

  • fabio
  • numpy (updated via pip)
  • scipy
  • h5py

sudo yum install libvterm-devel -> nécessaire pour mpi4py
sudo yum install mpi4py-openmpi

cd /usr/lib64
sudo ln -s /usr/local/hdf5/lib/libhdf5.so.101 libhdf5.so.101



execution

module load mpi/openmpi-x86_64